Научно-исследовательская деятельность в заповеднике направлена на изучение природных комплексов и долговременное слежение за динамикой природных процессов с целью оценки, прогноза экологической обстановки, разработки научных основ охраны природы, сохранения биологического разнообразия биосферы, воспроизводства и рационального использования природных ресурсов.
За последние годы научные исследования заповедника Дагестанский вышли на качественно новый уровень технического оснащения, что позволило получить ряд новых данных о современном состоянии и динамике развития природы региона.
К числу знаковых событий можно отнести установку автоматических метеорологических станций на всех подведомственных заказниках федерального значения. Часть оборудования приобретена за счет средств ГПЗ «Дагестанский», часть станций установлена в рамках научно-методического сотрудничества с Институтом экологии горных территорий им. А.К.Темботова КБНЦ РАН (г.Нальчик). Благодаря этому, впервые получены метеорологические данные для Тляратинского заказника (пункт Камилух). Метеоданные в обработанном виде будут представлены в Летописях природы и размещены на сайте заповедника.
Уникальными по своей сложности и яркости результатов стали работы по изучению глубин высокогорных озер Тляратинского заказника, расположенных на высотах 2700-3000м. В ходе полевых исследований озер и сопредельных территорий было установлено, что озера являются мореными и сформировались при деградации оледенений в различные этапы голоцена. Был выявлен факт широко распространения морен (а значит и ледников) на данной территории в период 14-19вв. Это открытие стало одним из первых подтверждений широкого развития ледников на Восточном Кавказе во время Малого ледникового периода и их катастрофическую деградацию за последние несколько веков.
Новая страница комплексных исследований начала создаваться и для участка «Сарыкумские барханы». По инициативе исследователя из Приволжского федерального университета (г.Казань) была подана заявка на инициативный научный грант РФФИ «Происхождение, история развития и современная динамика эолово-аккумулятивного комплекса «Сарыкумские барханы», как уникального природного объекта Евразии». Уже первый год исследований по гранту принес ряд новых уникальных данных. В частности с использованием различного оборудования (барометрических нивелиров, лазерных высотомеров, GPS-приборов) были измерены основные морфометрические параметры эоловых форм рельефа Сарыкума с высокой степенью сходимости. Абсолютная высота самой высокой поперечной дюны массива Сарыкум определена в 245 м.
Новые данные получены в ходе полевых исследований в районе Аграханского заказника. В частности было выявлено, что Аграханский полуостров имел сложную, прерывистую историю формирования.
Продолжилась работа по публикациям сборников научных статей «Труды государственного природного заповедника «Дагестанский». В рамках сборника было подготовлено около 30 статей по различным направлениям исследований природы заповедника. Следует отметить также и регистрацию сборника трудов в системе Российского индекса научного цитирования (e-library). Планируется размещение в этой системе всех опубликованных сборников. Заповедником также было опубликовано несколько монографий: «Сарыкумские барханы», «Редкие позвоночные животные заповедника «Дагестанский», «Рыбы заповедника «Дагестанский» и т.д. Всего сотрудниками заповедника за последнее время опубликовано более 50 научных работ.
Продолжается работа по сотрудничеству с научными и научно-образовательными учреждениями. В периоды летних практик в заповеднике работали студенты географического факультета ДГПУ. Было подготовлено 26 курсовых и 9 дипломных работ.