ФГБУ «Государственный заповедник «Дагестанский» осуществляет охрану на 5 ООПТ федерального значения, в том числе заповедник «Дагестанский», национальный парк «Самурский» и три федеральных заказника «Аграханский», «Самурский» и «Тляратинский».
