В соответствии с Федеральным законом «Об особо охраняемых природных территориях» N 33-ФЗ охрана природных комплексов и объектов на территории Дагестанского государственного природного заповедника осуществляется специальной государственной инспекцией.
Основной задачей является обеспечение соблюдения режима особой охраны на участках «Кизлярский залив» и «Сарыкумские барханы» и их охранных зонах, в кластерах национального парка «Самурский », а также в заказниках федерального значения «Аграханский», «Самурский» и «Тляратинский».
Службу охраны территории возглавляет директор заповедника, являющийся главным государственным инспектором по охране территории; заместители директора являются заместителями главного государственного инспектора; основной оперативной единицей инспекторской службы являются государственные инспектора по охране территории.
Для поддержки работы отдела и контроля выполнения, возложенных на сотрудников задач создана оперативная группа по охране заповедной территории, кластеров нацпарка и подведомственных заказников, которая подчиняется напрямую директору заповедника.
Служба охраны заповедника состоит из 49 штатных сотрудников, в том числе заместитель директора по охране, 7 старших инспекторов, и 40 государственных инспекторов. Служба охраны обеспечена 5 оборудованными кордонами, 2 опорными инспекторскими пунктами, водным и автомобильным транспортом, лошадьми, биноклями и прочими необходимыми приборами и оборудованием. Для всех инспекторов приобретены комплекты летнего и зимнего обмундирования.
Основные виды нарушений связаны с незаконным нахождением на особо охраняемой природной территории и браконьерством. Следует учитывать, что различные территории (заповедные участки с охранными зонами, кластеры нацпарка, и федеральные заказники) имеют различный режим особой охраны. Наиболее строгий режим, практически исключающий любое нахождение людей, установлен для участков заповедника. В национальном парке дифференцированный режим охраны, а в заказниках допускаются определенные виды хозяйственной деятельности, в первую очередь для местного населения.
По периметру двух участков заповедника «Дагестанский», кластеров национального парка «Самурский» и заказников федерального значения «Аграханский», «Самурский» и «Тляратинский» установлены информационные щиты и аншлагов.
Охрана осуществляется патрулированием на автомобилях, моторных лодках, конными и пешими обходами территории, а также для мониторинга используют квадрокоптеры.
Помимо непосредственно охраны территории на госинспекторов возлагаются задачи по поддержанию и при необходимости, восстановлению инфраструктуры заповедника на экскурсионных маршрутах, экологические тропах, осуществляют плановые биотехнические и хозяйственные работы, сопровождают в случае необходимости научных сотрудников во время полевых работ. Одной из основных обязанностей госинспекторов является ведение первичных научных наблюдений. Всё это требует, чтобы госинспекторы имели самую разнообразную подготовку – правовую, физическую, природоведческую.
Государственные инспекторы по охране окружающей среды в соответствии с законодательством Российской Федерации имеют право:
а) проверять у лиц, находящихся на территории заповедника, документы на право пребывания на этих территориях, а также разрешения органов внутренних дел на хранение и ношение оружия;
б) проверять документы на право осуществления деятельности в области природопользования и иной деятельности на прилегающей к территории заповедника территории его охранной зоны;
в) в случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации, составлять протоколы об административных правонарушениях, выносить определение о проведении административного расследования;
г) задерживать лиц, нарушивших законодательство Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях и охране окружающей среды, на территории заповедника, его охранной зоны и доставлять указанных лиц с целью составления протокола об административном правонарушении в правоохранительные органы, в помещение органа местного самоуправления сельского поселения или в служебное помещение заповедника;
д) беспрепятственно посещать любые предприятия, учреждения, организации, гидротехнические сооружения и иные объекты, расположенные в границах заповедника и его охранной зоны, в том числе режимные объекты, в установленном порядке для проверки соблюдения требований законодательства об охране окружающей среды, производить осмотр принадлежащих юридическим лицам и индивидуальным предпринимателям помещений, территорий и находящихся там вещей и документов;
е) производить на территории заповедника, его охранной зоны досмотр вещей и личный досмотр задержанных лиц, остановку и досмотр транспортных средств, проверку оружия и других орудий добывания объектов животного и растительного мира, полученной от них продукции, в том числе во время ее транспортировки, в местах складирования и переработки;
ж) производить арест товаров, транспортных средств и иных вещей, явившихся орудиями совершения или предметами административного правонарушения;
з) изымать у нарушителей законодательства Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях и охране окружающей среды продукцию и орудия незаконного природопользования, транспортные средства, а также соответствующие документы с оформлением изъятия в установленном порядке;
и) применять в установленном порядке физическую силу, служебных собак и специальные средства — наручники, резиновые палки, средства принудительной остановки автотранспорта и электрошоковые устройства (искровые разрядники) отечественного производства;
к) приостанавливать хозяйственную и иную деятельность, не соответствующую режиму особой охраны, а также иным правилам и нормативам охраны окружающей среды и использования природных ресурсов, на территории заповедника, его охранной зоны;
л) направлять материалы о привлечении лиц, виновных в нарушениях установленного режима заповедника, его охранной зоны к административной ответственности.