Кудрявый пеликан (Pelecanus crispus)
На Кизлярском участке заповедника и в Аграханском заказнике гнездится, пролетает и зимует, а в нацпарке Самурский пролетает и зимует.
На участке «Кизлярский залив» находится самая большая известная колония кудрявого пеликана. Именно поэтому он был выбран в качестве символа заповедника «Дагестанский».
Занесён в Красный список МСОП-2012 (категория VU — уязвимый вид), Красные книги России (категория 2 — сокращающийся в численности вид) и Республики Дагестан (категория 3 — редкий, уязвимый вид с ограниченным ареалом). Включён в Приложение I СИТЕС, Приложение I Боннской и Приложение II Бернской Конвенций, в список А Соглашения по охране Афро-Евразийских мигрирующих водно-болотных птиц (AEWA).
Ушастая круглоголовка (Phrynocephalus mystaceus)
В Дагестане в настоящее время обитают две хорошо выраженные популяционные группировки, разделенные более чем на 100 км: одна в Ногайском районе (Кумские, Бажигано-Тереклинские и Терские песчаные массивы), другая в Кумторкалинском районе на Сарыкумских барханах и Капчугае. Возможно, раньше между южными и северными популяциями существовала связь, которая была уничтожена последнего поднятия Каспия, во время которой круглоголовки, наряду с другими реликтовыми среднеазиатскими видами растений и животных, сохранились на относительно высоких, незатопляемых барханных участках Прикаспийской низменности.
«Сарыкумские барханы» — южная граница обитания ушастой круглоголовки. Ящерица занесена в Красную книгу Республики Дагестан (категория 3 – редкий вид на юго-западной границе ареала). Включена в Приложение III Бернской Конвенции.
Гюрза или левантская гадюка (Macrovipera lebetina)
Левантская гадюка – самый крупный и опасный представитель гадюковых змей в фауне России, длиной до 2 м и массой до 3 кг. Ядовитость и, в какой-то степени, коварность этой змеи отражена в её латинском названии – lebetina», что означает «гробовая». Она вооружена самым совершенным ядозубным аппаратом (длина ядопроводящих зубов достигает 20 мм) и выделяется среди других ядовитых змей большой подвижностью костей черепа – верхнечелюстная кость может вращаться вокруг поперечной оси до 90°. Гюрза продуцирует большое количество очень токсичного яда (по токсичности он уступает лишь яду кобры) и представляет серьёзную опасность для человека.
В Дагестане на федеральных ООПТ гюрза охраняется только на Сарыкумском участке заповедника «Дагестанский».
Занесена в Красные книги Российской Федерации (категория 2 – сокращающийся в численности вид, обитающий на северном пределе ареала) и Республики Дагестан (категория 2 – сокращающийся в численности вид, обитающий на северном пределе ареала). На совещании рабочей группы экспертов по редлистингу палеарктических амфибий и рептилий (Анталья, сентябрь 2008 г.) виду присвоена категория LC (вид, вызывающий наименьшие опасения) в Красном списке МСОП. Включена в Приложение II Бернской Конвенции.
Безоаровый козел (Carpa aegagrus)
В Дагестане безоаровые козлы обитают в верхних частях бассейнов Аварского и Андийского Койсу от горы Диклосмта с урочищами Щун-Галаган на стыке границ Грузии и Чечни на западе до верховьев рек Джурмут и Тлейсерух на востоке. Протяжённость ареала с северо-запада на юго-восток составляет более 160 км. На Дагестан приходится около 2/3 северо-кавказской части ареала данного вида в России.
В Тляратинском заказнике безоаровые козлы обитают на всей лесной территории заказника и в прилегающей к ней сверху полосе субальпийских лугов.
Занесён в Красный список МСОП-2012 (категория VU – уязвимый вид), в Красные книги России (категория 2 – сокращающийся в численности вид на северной периферии ареала) и Дагестана (категория 2 – мало-численный вид с сокращающейся численностью и ареалом на северной периферии ареала). Включён также в Приложение II Бернской Конвенции.
Кавказская лесная кошка (Felis silvestris caucasica)
В настоящее время ареал лесного кота в Дагестане охватывает часть Терско-Сулакской и Приморской низменностей, леса Предгорного и, частично, Высокогорного Дагестана до 2500 м над ур. м. Отсутствует этот вид в безлесных районах Внутригорного Дагестана. Именно защита лесов на федеральных ООПТ способствует сохранению среды обитания этого вида.
Занесён в Красные книги России (категория 3 – редкий вид, имеющий малую численность и распространённый на ограниченной территории) и Дагестана (категория 3 – редкий подвид, имеющий малую численность и распространённый на ограниченной территории). Включён в Приложение II Бернской конвенции. В Красном списке МСОП-2012 отнесён к категории LC (вид, вызывающий наименьшие опасения).
Камышовый кот или Хаус (Felis chaus)
Современная область распространения хауса на федеральных ООПТ Дагестана занимает площадь 22 тыс. га, в том числе в охранной зоне Кизлярского участка заповедника – 5 тыс. га, в Аграханском заказнике – 7 тыс. га и в Самурском заказнике – до 10 тыс. га. В охранной зоне участка «Сарыкумские барханы» изредка отмечаются встречи единичных особей.
Занесён в Красную книгу России (категория 2 – редкий, сокращающий численность и распространение, находящийся на границе ареала вид) и Красную книгу Дагестана (категория 2 – малочисленный вид с сокращающейся численностью и ареалом). Вид также включён в Приложение II СИТЕС. В Красном списке МСОП-2012 отнесён к категории LC (вид, вызывающий наименьшие опасения).
Офрис оводоносная (Ophrys oestriefera)
На территории кластера «Дельта Самура» национального парка «Самурский» находится наиболее многочисленная популяция этого вида. Численность вида здесь на площадках 10м2 в среднем составляла 11-14 экземпляров.
Занесен в Красную книгу Дагестана (1 категория. Вид, находящийся под угрозой исчезновения. Реликт, со средиземнюморско-переднеазиатским ареалом).
Ятрышник обезьяний (Orchis simia Lam)
Наиболее многочисленная популяция представлена в Самурском национальном парке, на территории кластера «Дельта Самура», где на площади 10 м2 отмечено 23 особи.
Занесен в Красную книгу Дагестана (2 категория. Уязвимый вид, с сокращающейся численностью по всему ареалу).
Астрагал каракугинский (Astragalus karakugensis Bunge)
На заповедном участке «Сарыкумские барханы» астрагал каракугинский произрастает в средней части склонов песчаного массива с перемещающимися песками, предпочитая ложбины и понижения микрорельефа. Максимальный возраст астрагала каракугинского на Сарыкуме составляет 18-20 лет.
Занесен в красную книгу Дагестана (3 категория. Уязвимый вид, с сокращающейся численностью. В Дагестане проходит западная граница ареала. Реликт).
Плющ Пастухова (Hedera pastuchowii Woronow)
В Дагестане растет в равнинных лиановых лесах Приморской низменности и предгорных буково-грабоных лесах в глубоких и тенистых частях ущелий.
Относительно стабильной являются популяции в южной приморской части в кластере «Дельта Самура» национального парка «Самурский», где наблюдается цветение и плодоношение, соответственно, и семенное размножение. Здесь представлены все возрастные стации от проростков до взрослил плодоносящих растений, В других популяциях цветение, а, тем более плодоношение — очень редкое.
Занесен в Красную книгу Дагестана (2 категория. Уязвимый вид, Третичный реликт).
Сассапариль высокий (Smilax excelsa L.)
Полувечнозеленая или листопадная лиана 15-20 м высотой. Стебли равномерно усеяны шипами длиной 5-8 мм.
Встречается в Равнинном и частично Предгорном Дагестане: Магарамкентский, Дербентский, Табасаранский, Кайтагский, Каякентский, Кизилюртовский районы. Общий ареал: Кавказ, Юго-Восточная Европа, Средиземноморье, Юго-Западная Азия (Турция, Сирия, Иран). Растет по опушкам, во влажных тенистых местах, в приречных лесах, садах, среди кустарников на низменности и в нижнем горном поясе.
Цветет в мае-июне. Плоды созревают в октябре-ноябре. Общая численность по Дагестану, вероятно, около 10 тыс. экз. Наиболее крупная популяция, в которой сосредоточено более половины дагестанских экземпляров, приурочена к Самурскому лесу. Остальные популяции малочисленны и очень неустойчивы.
Занесен в Красную книгу Дагестана (2 категория. Уязвимый вид. Третичный реликт.)