Государственный природный заказник федерального значения «Самурский» был организован Приказом Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР от 28 мая 1982 г. № 162 без ограничения срока действия. Площадь заказника составляла 11,2 тыс. га. Он располагался на территориях Магарамкентского (9,3 тыс. га) и Дербентского (1,9 тыс. га) районов.
В 2009 году заказник был передан в ведение ФГБУ «Государственный заповедник «Дагестанский» Приказом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 3 ноября 2009 г. № 362.
В 2019 году 9260 га территории заказника были включены в состав созданного здесь же национального парка «Самурский». В результате в заказнике осталось 1940 га земель, занятых главным образом населенными пунктами с прилегающими к ним небольшими участками лесов и сельскохозяйственных земель.
В настоящее время на территории заказника частично или целиком располагаются 7 населенных пунктов Дербентского (Нюгди) и Магарамкентского (Азадоглы, Самур, Тагиркент-Казмаляр, Хтун-Казмаляр, Бильбиль-Казмаляр, Приморский) районов.
Как природоохранная территория, созданная для сохранения и восстановления ценных в хозяйственном отношении, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира и среды их обитания, заказник полностью потерял свое значение.
В ближайшие годы, вероятно, заказник будет расформирован, а часть его территории включена в охранную зону национального парка «Самурский»
