Из сосудистых растений заказника в Красные книги России и Дагестана занесены марсилия четырехлистная, эриантус Равенны, императа цилиндрическая, ирис жeлтый, эремоспартон безлистный, астрагал каракугинский, кувшинка белая, кубышка жeлтая, селитрянка Шобера и чилим гирканский.
Редких и охраняемых беспозвоночных в заказнике не менее 12 видов: дозорщик-император, дедка желтоногий, эмпуза среднеазиатская, усач-кожевник азиатский, скарит песчаный, красотел пахучий, пчела плотник, махаон и др.
Среди рыбообразных и рыб заказника 8 видов из федеральной и региональной красных книг – каспийская минога, шип, стерлядь, волжская сельдь, белорыбица, каспийская кумжа, берш и предкавказская щиповка.
Заказник является одним из важнейших на западном побережье Каспия мест гнездования, остановок на пролете и зимовки водоплавающих и околоводных птиц. Всего в Аграханском заказнике обитает более 60 редких видов птиц и других наземных позвоночных животных: кавказская быстрая ящурка, сарматский полоз, кудрявый пеликан, малый баклан, колпица, каравайка, египетская цапля, стерх, журавль-красавка, степная и луговая тиркушки, белоглазый нырок, курганник, орлан-белохвост, журавль-красавка, черноголовый хохотун, большой кроншнеп, белохвостая пигалица, морской зуек, сизоворонка, степной хорь, перевязка, кавказская выдра, камышовый и лесной коты, кавказский благородный олень и др.

Фото: Р. Муртазалиев

Фото: Г. Джамирзоев

Фото: С. Трепет

Фото: В Кононенко

ото: В. Кононенко

Фото: В Кононенко

Фото: А. Перевозов

Фото: А. Агарков
