Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный природный заповедник «Дагестанский» создано распоряжением Правительства Российской Федерации от 31 декабря 2008 года № 2056-р и находится в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации.
Учреждение осуществляет управление государственным природным биосферным заповедником «Дагестанский», национальным парком «Самурский», государственными природными заказниками федерального значения «Аграханский», «Самурский» и «Тляратинский». Общая площадь охраняемой или находящейся под мониторингом учреждения природной территории, включая охранные зоны заповедных участков и зону сотрудничества биосферного резервата, составляет более 500 тыс. га.
Государственный природный биосферный заповедник «Дагестанский»
Организован 9 января 1987 года на двух участках «Кизлярский залив» и «Сарыкумские барханы».
Заповедник создан с целью охраны природных территория для сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов
Общая площадь – 19 061 га. «Кизлярский залив» — 18 485 га. и «Сарыкумские барханы» — 576 га.
На прилегающих к территории заповедника участках земли и водного пространства создана охранная зона с ограниченным режимом пользования. Общая площадь 21 065 га, в том числе на участке «Кизлярский залив» — 19890 га и на участке «Сарыкумские барханы» — 1175 га.
В 2017 году на базе заповедного участка создан первый в Дагестане биосферный резерват ЮНЕСКО «Кизлярский залив», площадь которого вместе с зоной сотрудничества составляет 315 725 га.
В 2020 г. заповеднику присвоен статус биосферного.
Национальный парк «Самурский»
Создан 25 декабря 2019 г.
Территория национального парка включает в себя 2 кластера – «Дельта Самура» и «Шалбуздаг».
Общая площадь – 48 273,15 га, в том числе кластер «Дельта Самура» — 10 133,65 га и кластер «Шалбузда» — 38 139,50 га.
Национальный парк «Самурский» создан с целью сохранения природных комплексов, уникальных и эталонных природных участков, объектов и биоразнообразия в целом.
Государственный природный заказник федерального значения «Аграханский»
Организован 8 апреля 1983 г.
Общая площадь – 39 000 га.
Заказник имеет профиль биологического (зоологического) и предназначен для сохранения и восстановления ценных в хозяйственном отношении, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира и среды их обитания.
2009 г. – передан в ведение ФГБУ «Государственный природный заповедник «Дагестанский»
Государственный природный заказник федерального значения «Тляратинский»
Организован 16 декабря 1986 г.
Общая площадь – 83 500 га.
Заказник имеет биологический профиль и предназначен для сохранения, восстановления и воспроизводства ценных в хозяйственном отношении охотничьих животных и среды их обитания в высокогорье Большого Кавказа.
2009 г. – передан в ведение ФГБУ «Государственный природный заповедник «Дагестанский»
Государственный природный заказник федерального значения «Самурский»
Организован 28 мая 1982 г.
Общая площадь — 1 940 га.
С 2009 г. находится в ведении ФГБУ «Государственный природный заповедник «Дагестанский»