Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный природный заповедник «Дагестанский» создано распоряжением Правительства Российской Федерации от 31 декабря 2008 года № 2056-р и находится в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации.
Учреждение осуществляет управление государственным природным биосферным заповедником «Дагестанский», национальным парком «Самурский», государственными природными заказниками федерального значения «Аграханский», «Самурский» и «Тляратинский». Общая площадь охраняемой или находящейся под мониторингом учреждения природной территории, включая охранные зоны заповедных участков и зону сотрудничества биосферного резервата, составляет более 500 тыс. га.