Еще в начале 1920-х годов среди в научных кругах Дагестана утвердилось мнение о необходимости создания заповедных территорий в низовьях рек Самур, Сулак и Терек, а также на Гунибском плато во Внутригорном Дагестане. Тогда в республике были организованы первые ООПТ – Самурский и Порабочевский заказники, которые просуществовали недолго. Позже, во второй половине 20 века, в качестве территорий для создания заповедников стали предлагать Аграханский залив, Самурский лес, Сарыкум и высокогорья Главного Кавказского хребта в районе горы «Гутон» на границе с Грузией и Азербайджаном. Гунибское плато было объявлено памятником природы. Гутонский участок, планируемый под заповедник, стал заказником. Аграханский залив начал активно использоваться человеком, и лишь его северная часть в 1983 году была объявлена федеральным заказником.
Заповедник «Дагестанский» был организован Постановлением Совета Министров РСФСР от 9 января 1987 года № 6 по решению Совета Министров ДАССР от 23 сентября 1986 года № 208 на двух участках – «Кизлярский залив» и «Сарыкумские барханы». Общая площадь его составляет 19061 га, в том числе, участок «Кизлярский залив» (18 485 га) и участок «Сарыкумские барханы» (576 га).
С 2009 года в ведении заповедника «Дагестанский» как природоохранного учреждения находятся все федеральные заказнике на территории Республики Дагестан: «Аграханский» (39 000 га), «Самурский» (1940 га) и «Тляратинский» (83 500 га).
В 2017 году на базе заповедного участка создан первый в Дагестане биосферный резерват ЮНЕСКО «Кизлярский залив», площадь которого вместе с зоной сотрудничества составляет 315 725 га.
В 2019 году нам передан также национальный парк «Самурский», общей площадью 48 273 га, который состоит из двух кластеров: «Дельта Самура» (10 133,65 га) и «Шалбуздаг» (38 139,5 га).
Таким образом, в настоящее время федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный природный заповедник «Дагестанский» осуществляет свою деятельность на двух заповедных участках, одном национальном парке, одном биосферном резервате и в трех федеральных заказниках Дагестана. Общая площадь охраняемой или находящейся под мониторингом учреждения природной территории, включая охранные зоны заповедных участков и зону сотрудничества биосферного резервата, составляет более 500 тыс. га.