Государственный природный биосферный заповедник «Дагестанский» организован в 1987 году Постановление Совета Министров РСФСР от 9 января 1987 г. № 6, в соответствии с Постановление Совета Министров Дагестанской АССР от 23 сентября 1986 года № 208 на двух участках – «Кизлярский залив» и «Сарыкумские барханы».
На прилегающих к участкам Дагестанского заповедника землях и водном пространстве Постановлением Совета Министров Дагестанской АССР от 23 сентября 1986 года № 208 созданы охранные зоны.