Организован в 1983 году Приказом Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР от 8 апреля 1983 года №115. Передан в ведение ФГБУ «Государственный заповедник «Дагестанский» Приказом Министерства природных ресурсов и и экологии Российской Федерации №359 от 3 ноября 2009 г.
Государственный природный заказник федерального значения «Аграханский» был создан для сохранения и восстановления ценных в хозяйственном отношении, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира и среды их обитания. Территория представляет собой систему зарастающих морских мелководий, озер и протоков, возникших на месте Аграханского залива Каспийского моря вследствие естественных дельтоформирующих процессов в устье Терека и искусственного зарегулирования русла реки.
Площадь заказника – 39 000 га.
Располагается на территориях Кизлярского, Бабаюртовского районов и Кировского городского района города Махачкалы.
Заказник занимает северные половины Аграханского залива и Аграханского полуострова. После выведения р.Терек через прорезь на восток, в Аграханском заливе значительно снизился уровень воды, и большая часть залива высохла. В современном рельефе залива выделяются искусственные каналы с береговыми валами, протоки и сравнительно небольшие, большей частью слабопроточные водоемы. Грунт на дне большей части водоемов – глинистый ил с большим количеством детрита. Рельеф Аграханского полуострова осложнен крупными эоловыми формами, местами высотой до 10 м. Также отмечаются барханные цепи, дугообразно изогнутые на запад.
Северная часть Аграханского залива представляет собой остатки собственно морского залива и мелководных озер, с солончаками, обширными плавнями, лугами и сетью проток и искусственных каналов. Современные глубины морской части залива составляют около 1-1,5 метра, водоемов средней и южной части – менее 0,5 м.
Общая площадь пресноводных озер Северного Аграхана составляет в настоящее время не более 5000 га. Основными источниками питания озер являются канал Кубякин и протоки левобережья Нового Терека, а также остаточный сток каналов Росланбейка и Кордонка.
Уровень воды в водоемах и минерализация непрерывно меняются в зависимости от объемов поступления пресной воды и нагонов морских вод.
